Inspirowani sukcesem ubiegłorocznej edycji, postanowiliśmy wspólnymi siłami, wraz z Kołem Naukowym Studentów Biotechnologii „Mygen”, Kołem Studentów Biofizyki „Nobel” i Kołem Studentów Informatyki UJ zorganizować reedycję ubiegłorocznej konferencji. Studenci i zaproszeni goście poruszą szeroko rozumiane zagadnienia z zakresu bioinformatyki i biomatematyki. Konferencja, podobnie jak w roku ubiegłym, odbędzie się na naszym wydziale (Wydział Matematyki i Informatyki Uniwersytetu Jagiellońskiego, ul. Łojasiewicza 6). Pod wpływem zeszłorocznych sugestii postanowiliśmy w pierwszym dniu konferencji przeprowadzić wykłady wprowadzające z dziedziny biotechnologii, genetyk i informatyki, które to powinny przybliżyć naszym słuchaczom tematykę poruszaną na wykładach.

18-20 marca 2011r.

WYDZIAŁ MATEMATYKI I INFORMATYKI
UNIWERSYTETU JAGIELLOŃSKIEGO
Kraków, ul. Łojasiewicza 6

Będziemy poruszać następującą tematykę:

• bioinformatyka,
• matematyka i informatyka w naukach biologicznych,
• modelowanie molekularne.

Opieka naukowa: prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula

Zaproszeni goście:

• dr hab. Andrzej Bielecki,

• prof. dr hab. Janusz Bujnicki,

• prof. dr hab. Andrzej Koliński,

• prof. dr hab. Bogdan Lesyng,

• dr Krzysztof Murzyn,

• prof. dr hab Wiesław Nowak,

• prof. dr hab. Irena Roterman-Konieczna,

• dr Jacek Śmietański

Już teraz możesz się zarejestrować na konferencję (rejestracja jest obowiązkowa i będzie otwarta do 15 marca 2011r.).

Jeśli tylko:

• Zawsze zastanawiałeś się, co to takiego ta bioinformatyka,
• Wiesz, ale chcesz pogłębić swoją wiedzę,
• Znasz ciekawe zagadnienie z zakresu tematyki konferencji i chciałbyś się podzielić nim z innymi,
• Zajmujesz się ta tematyką i chciałbyś poznać innych ludzi zakręconych na tym samym punkcie, co Ty,

WPADNIJ DO NAS! 🙂

WAŻNE! Konferencja jest BEZPŁATNA. Organizatorzy nie zapewniają noclegów.

KONTAKT: lkz(a)kmsuj.im.uj.edu.pl (zamiast (a) należy wpisać @).

Harmonogram konferencji

18 marca 2011r.
13:00-13:15 – Otwarcie konferencji – prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula
13:15-14:15 – dr Jacek Śmietański – Prześwietlić genom
14:15-15:45 – Przerwa obiadowa
15:15-16:15 – Krzysztof Misztal – Zastosowanie algorytmów genetycznych do optymalizacji strategii poszukiwawczych
16:20-16:50 – Adam Górka – Co nam dziś powie sekwencja?
16:50-17:05 – Przerwa na kawę
17:05-18:05 – dr hab. Andrzej Bielecki – Szybki transport neurotransmiterów w presynaptycznej kolbce neuronu – model dynamiczny
18:10-19:10 – dr Krzysztof Murzyn – Eksploracja danych tekstowych w bioinformatyce

19 marca 2011r.
09:30-10:25 – prof. dr hab. Wiesław Nowak – O błądzeniu przypadkowym tlenu w białkach hemowych, czyli czy warto siedzieć w LESie
10:30-11:00 – Tomasz Kułaga – Sieci Bayesa w eksperymentach mikromacierzowych
11:00-11:15 – Przerwa na kawę
11:15-11:40 – Agnieszka Listwoń & Adam Niedzielski – Metoda Monte Carlo w symulacji spacerów losowych i polimerów
11:45-12:40 – prof. dr hab. Bogdan Lesyng – Przegląd wieloskalowych metod molekularnego modelowania i ich wybranych zastosowań
12:45-13:15 – Marek Kochańczyk – Jak modelować sygnalizację na błonie komórkowej?
14:00-15:30 – Przerwa obiadowa
15:30-15:55 – Marta Pieczyńska – O modelu Liggetta mutacji wirusów
16:00-16:45 – Izabela Kurzydło – Związki matematyki z wirusologią

16:45-17:30 – czas na dojazd do centrum
18:30-19:30 – spotkanie z prof. dr. hab. Januszem Bujnickim w Żaczku – O RNA
19:30- +∞ – Impreza integracyjna w Żaczku

20 marca 2011r.
10:00-10:55 – prof. dr hab. Irena Roterman-Konieczna – Komputer czy probówka, czyli in silico czy in vitro?
11:00-11:30 – Paulina Krawczyńska – Bity&Białka Sp. z o.o.
11:30-11:45 – Przerwa na kawę
11:45-12:40 – prof. dr hab. Andrzej Koliński – Między fizyką, chemią i biologią – modelowanie molekularne białek
12:45-13:15 – Rafał Kurczab – Jak znaleźć igłę w stogu siana? Zastosowanie metod in silico w poszukiwaniu nowych leków
13:15-13:30 – Przerwa na kawę
13:30-14:00 – Katarzyna Mrowca – CUDA w bioinformatyce
14:00-15:30 – Przerwa obiadowa
15:30-16:25 – Radosław Łazarz – DNA jako rozwiązanie dla problemów obliczeniowych
16:30-17:00 – Wojtek Ganczarek – Tajemne związki drożdży z modelowaniem
17:05-17:30 – Zakończenie konferencji

Jak to działa?

Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie metod obliczeniowych do badania danych biologicznych. Jest ona silnie powiązania z ewolucją molekularną i genetyką populacyjną. Wykorzystuje narzędzia matematyczne i informatyczne do badań nad informacją biologiczną zebraną w ciągu ostatnich dekad. Bioinformatyka stara się odpowiedzieć na pewne pytania biologiczne, rozwiązać problemy ujęte w ramy algorytmów i baz danych, tak aby usystematyzować, ujednolicić a jednocześnie poszerzyć wiedzę biologiczną. Szczególnie silnie zaznacza się kilka problemów.

eppur si muove… ale jak to działa?
Mimo poznania charakteru oddziaływań pomiędzy poszczególnymi atomami niemożliwe okazuje się jednoczesne modelowanie wielu procesów. Współcześnie znane algorytmy wciąż nie pozwalają na przewidzenie w sposób jednoznaczny struktury białek, będących złożonymi biopolimerami. Mnogość oddziaływań, które należy uwzględnić, obejmuje nie tylko cząsteczki zawarte w białku, ale również otoczenie, stanowiące niekiedy miliardy molekuł rozpuszczalnika. Poznanie struktury białek staje się niezwykle istotne gdy chcemy badać wpływ leków na organizm. Takie badania, bardziej klasycznymi metodami biochemii, są drogie, czasochłonne a częstokroć nie prowadzą do zadowalających rezultatów.

Krewetką jestem i nic co ludzkie… czyli o homologii.
Bioinformatyka umożliwia nam ustalanie homologii między jednostkami budującymi organizmy, co jest użytecznym narzędziem w badaniach ewolucyjnych. Badaniu poddaje się zarówno pojedyncze geny, białka jak i całe genomy. Połączenie odpowiednich algorytmów, metod matematycznych i wiedzy z zakresu genetyki ewolucyjnej pozwala określić pokrewieństwo między gatunkami.

011001… zbierzmy to do kupy!
Obecnie wg najpopularniejszych baz danych znanych jest około 108,431,692 sekwencji DNA i 70231 struktur białek. Dane te jednak mogą różnic się od rzeczywistych, ponieważ istnieje więcej baz danych, a codziennie poznawane są nowe sekwencje. Dlatego ważne jest, aby opracować sprawne techniki przeszukiwania zgromadzonych informacji. Pomoże to lepiej zrozumieć podstawowe procesy biologiczne, przewidywać struktury i zachowanie się białek.

Mimo że jest to nowa dziedzina, już teraz posiada szeroki wachlarz zastosowań. Potrzebuje ona jednak opracowania nowych algorytmów, programów czy „superkomputerów“ ze względu na szybki wzrost ilości danych spowodowany rozwojem metod analizy jakościowej białek i kwasów nukleinowych.

Na koniec… parę słów o modelowaniu.
Modelowanie molekularne jest kolejną dziedziną pomocną w biologii, wykorzystująca techniki obliczeniowe do wizualizacji oraz przewidywania zachowania się cząsteczek i bardziej skomplikowanych układów, jak np. oddziaływania receptorów z lekiem. Dzięki modelowaniu molekularnemu można badać m.in. proces fałdowania białek i ich stabilność, oddziaływanie biopolimerów między sobą i z otaczającym je środowiskiem.

Nasza konferencja będzie poruszać większość tych zagadnień. Ma na celu zapoznanie studentów z dostępnymi technikami i praktycznymi zastosowaniami matematyki i informatyki, o których rzadko mówi się na kursach bioinformatycznych. Podczas konferencji prezentacje będą wygłaszane między innymi przez pracowników naukowych Wydziału Matematyki i Informatyki, Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii oraz Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Organizatorzy

Pomagają nam: